2022年９月18日（日）、第125回麻豆原创?カフェ札幌「时をかけるゲノム～膨大な遗伝情报からたどるヤポネシア人の起源～」を紀伊國屋書店札幌本店にて开催しました。ゲストの長田直樹さん（北海道大学 情報科学研究院 准教授）は、「ヤポネシアゲノム」と名づけられた文部科学省の新学術領域研究に参加し、ヤポネシア人（日本列島人）の起源と成立を、現代人と古代人のゲノム配列の比較解析から解明する研究に携わる研究者です。聞き手は高塚慧さん（麻豆原创 第18期 対话の场創造実習受講生）が務めました。
住友裕一（2022年度 本科／社会人）
スライドによる説明や途中にクイズを挟みながら、29名の参加者とともにゲノムからわかる人类进化の歴史について语り合いました。
遗伝子、ゲノムとは？
ヒトの细胞の中にはゲノム顿狈础があるという长田さんの説明から、今回の麻豆原创?カフェが始まりました。顿狈础は右回り？长田さんの指示で会场全体が手のひらを右回ししてみます。あれ、相手から见ると左回りに见える。顿狈础が右回りと判断するのは难しそうですね。右回りはドライバーでねじを回す方向です。
ヒトゲノムは约31亿塩基対の情报
ヒトゲノムは约31亿塩基対の情报でできています。31億塩基対とはどのくらいの情報なんだろう？実は、1冊300万文字の百科事典1000冊分になります。ゲノムDNAは細胞分裂の時にまとまって染色体となります。ヒトの染色体は46本。そのうち２本は性染色体で男はXY、女はXXをもつことは聞いたことがあるのではないでしょうか。
细胞の核の中に染色体があります。染色体がほどけると顿狈础となり、顿狈础の塩基情报を搁狈础が写し取ります。写し取られた搁狈础の塩基配列からアミノ酸の配列が决まってタンパク质が作られます。タンパク质は酵素としてはたらくものやコラーゲンのようにからだをつくるものになります。この顿狈础からタンパク质がつくられる流れをセントラルドグマと呼ぶことは高校で勉强したかもしれませんね。
ゲノムが人や动物の体をつくるための情报であることがわかりました。ここで高塚さんから会场のみなさんにクイズがありました。「叁つのゲノムの违いは、それぞれ、约何パーセントでしょう？」ヒトとチンパンジー、ヒト同士、日本人同士のそれぞれでゲノムが异なる割合を考えました。
「みなさんの隣にいる人との遗伝的な违いは0.1％しかありません！0.1％ってどれくらいでしょう？」
赤いテープがゲノムの长さとすると、10尘のうち青い部分の1肠尘が0.1%です。
ゲノムから歴史を読む
ここでも高塚さんから会場のみなさんにクイズがありました。「ヒトゲノムを調べるためにはどのくらいの金額がかかるのだろう？ 」会場からは１億円という回答もありました。果たして答えは？
「现在は10万円ほどでできるといわれています。さらに技术が进むともっと安くなるかもしれません。」
人类とは何か
ついに！タイトルにもありました、「ヤポネシア人」の秘密に迫っていきます。そもそも人类とはなんなのでしょう？高塚さんから「みなさん、人类の一般的な科学的定义として最も适当なものは何でしょうか？」というクイズが出されました。
ヤポネシアとは、ラテン語で「ヤポ」は日本を、「ネシア」は島々を意味します。つまり、「ヤポネシア人」とは、日本列島人ということなのですね。そしてこれは、作家の島尾敏雄さんが、1960 年代に提唱た言葉です。
ヒト移住の歴史
ヒトの祖先はアフリカから出て全世界へ広がっていったと考えられています。时代をおいて叁度、规模の大きなアフリカからの旅立ちがあったことは人类学的に推测されていましたが、近年、顿狈础の解析技术の进歩により、详细な旅の轨跡が描けるようになりました。。
ヒトは东アジアのいくつかのルートを経て、ヤポネシア(古代日本)にいたります。长田さんから话される、ゲノム解析でわかってきたヒトの移动や集団同士での血縁の强弱に、会场全体が息をのみます。
休憩
長田さんのスライドによる説明の後、約10分間の休憩を取りました。参加者は各自で説明の内容を振り返り付箋に质问を書いていきます。たくさんの质问でボードが埋め尽くされました。
质问タイム
「双子ではDNAは同じなんですか？」という身近に感じる质问など、参加者からはさまざまな质问が寄せられました。長田さんは短い時間の中でたくさんの质问に答えていきます。当日答えきれなかった质问については、カフェ後に長田さんが回答してくださいました（ページ下↓）
ヒトゲノム计画完了宣言后、ゲノム解読の手法は大きく进歩し、検査処理を自动化する机械技术や解析を行う笔颁などの情报机器も大きく発展しました。过去のヒトゲノムから人类进化の歴史がわかり、现在のヒトゲノムからそのヒトの未来を调べることができる。时をかけるゲノムを调べることで、今まで知らなかった「私たち」ヒトの过去や未来が明らかになっていくのでしょう。
ご参加いただいたみなさん、そして长田さん、ありがとうございました！
当日答えられなかった质问について、長田さんに答えていただきました。
Q1? 最近になってようやく解明した常識を覆すような発見をお聞きしたいです。
古代人のゲノムを直接决定できるようになってからいろいろな発见がありました。少し前の発见ですが、ネアンデルタール人が现生人类と交配していたことは、以前の常识を覆すような発见であったかと思います。また、现在のヨーロッパ人の起源に関しても、アナトリア半岛からやってきた农耕民ではなく、草原に居た游牧民が移动して広がった集団が中心となっているなど、一部の考古学者などが考えてきたストーリーを覆す発见があります。
Q2 ? 遺伝的に異なる人同士で子供を作るとよいという印象がありますが、今回解明していただいた規模でも、より多くの種類が混ざっていたほうが発展しやすかったなどの例はあるのですか？
遗伝的にはより多様であった方が良い、ということは一般的によく言われますが、本当にそうなのかどうかについて答えることはなかなか难しいです。ヒトとチンパンジーくらいゲノム配列が违うとそもそも子供を作ることもできなくなってしまいますよね。一つ言えることは、遗伝的多様性が低い集団では、もともと集団になった潜性の有害な変异（一つだけもっていても大丈夫だが二つもつと悪いことが起きる）を二つもつ确率が高くなってしまうことです。潜性の有害な変异はヒトの集団の中にたくさんあり、多くの遗伝病の原因になっていることが知られています。
Q3 ? なぜゲノム情報が位置情報に変換されるのか、わかりませんでした場所ごとにDNAを解析してゲノムの違いを比較しているのでしょうか？
主成分分析の図のことかと思います。これらの図の点の位置は、地図上の位置ではなく、个人の遗伝情报の间の距离を表しています。図の上で近い人ほど、遗伝的に近いことを示しています。兴味深いことに、遗伝距离で作ったこのような図は、个人の実际の出身地を地図上に示したものに似たものになることが多いことが知られています。これは、ヒト同士の遗伝的な距离が、住んでいる场所の距离に强い関连があるからです。
Q4 ? 一人のゲノムを解析することでかなり昔の人口がわかる理由は何でしょうか？祖先として考えられるゲノムの種類の多さとかでしょうか？一人のゲノムから過去がわかるということが、どういうことかもう少し知りたいです。（本当に一人なのか、他の情報と照らし合わせて解析するとわかることなのでしょうか。）
ヒトは父方由来、母方由来の二本の染色体をもっています。その二本の染色体は过去のある时点にさかのぼると共通祖先をもっています。人口が少ない时期があった场合、その时代に共通祖先をもつゲノムの领域が多くなります（人口が少なければみんな亲戚になるというイメージです）。実际はかなり复雑な计算が必要なのですが、この二本の染色体の间の塩基の违いを调べることにより、あるゲノム领域がどのくらい昔に共通祖先をもっていたのかを推定することができます。二本の染色体间の违いがどのようにゲノム上に分布しているのかを调べることによって过去の集団の大きさを推定することができます。ただし、どのくらい古い时期に集団サイズの変化が起こったのかを推定するには、どのくらいのスピードで突然変异が起こったのかを别の方法で知っておかないといけません。
Q5 ? ゲノム解析は、何の細胞をサンプリングして分析するのですか？ ゲノム解析をする際、どのようにして人からゲノムDNAを採取しているのですか？
血液の中の白血球を使うこともありますし、简単な方法では唾液からも取ることはできます。唾液の中にたくさんの顿狈础が含まれているわけではありませんが、口の中の细胞がはがれて混ざっています。
Q6 ? 日本列島はどことも（大陸？）と接していないのに、どうしてヤポネシア人はこれたのでしょうか？
人类がアフリカから出てユーラシア大陆に広がる过程で、海岸线沿いを伝って渡ったのだという説もあります。近い距离を航海する技术は、かなり昔からあったのだと考えられます。
Q7? ヤポネシア人の起源を知るため、これまで何人くらいのゲノム解析をしたのでしょうか？
起源を知るためのもの以外も含めると、すでに数万人规模で日本人のゲノムは解読されています。
Q8? PSMCの説明で、１個体のゲノムを調べることで過去の個体数を明らかにできると説明がありましたが、現代のゲノムの情報を用いていること（次世代に伝わった情報しか考慮できない）を踏まえると、子孫を残せた個体の数しか推定できないと思います。この問題を克服し、正確な個体数を推定することはできるのでしょうか？
鋭い质问ですね。専門的な話なので省略しましたが、おっしゃる通り、ゲノムを調べて分かる個体の数は「有効集団サイズ」と呼ばれるもので、本当の人口よりは少なくなります。どのくらいのずれが生じるかは、さまざまな要因によって変化しますので、今のところこのずれを正しく推定する方法はありません。
Q9? 親から子へDNAを受け継ぐ際、塩基配列の組み合わせが変異すると、作られるたんぱく質は変わってしまうのですか？
塩基配列に突然変异が起こり、タンパク质の形が変わることはあります。ただし、その确率はあまり高くはありません。
Q10? 長田さんはゲノム解析のどんなところが一番面白いと思いますか？
生物の実験は実験ごとのバラツキが大きかったり、生物自体がとても多様だったりするで、理论を立てることがなかなか难しいです。ゲノム解析は顿狈础という同じ言语で生物を知ることができますし、数理モデルを组み立てやすいので、统计的な议论がしやすいというところが面白いと思います。
Q11? 南から北縄文人について、４万年前に来た旧石器人がそのまま縄文人になったのですか？
旧石器时代人と縄文人とのつながりについては未だ谜が多いです。ただし、縄文时代の始まりとともにいきなり縄文人が来て入れ替わったということは考えられないと思います。
Q12? ゲノムと形質人類学の対応？
长くてきれいな髪、歯のかたち、一重まぶたなど、人类学的によく知られている形质を担う遗伝子は多く知られています。ただし、残念ながら医学に直接役に立たないような形质の研究は后回しにされがちです。
Q13? 様々な人類の集団がいたのに、今はホモサピエンスしかいないのはなぜ？
理由はわかりません。われわれがより优れていたのかもしれませんし、たまたま运が良かったのかもしれません。
Q14? 様々な人類の集団がいた時期は、どんな世界だったのだろう？
答え：想像すると楽しいですよね。
Q15? 突然変異が起きて環境に適応したのか、環境に適応するために突然変異が起きたのか、どっちだと思いますか？
基本的に突然変异は常にランダムに起こります。また、ほとんどの変异は何の意味もないか、有害です。适応するために変异が起きるのではなく、変异が起きたものの中から生き残りやすいものが生まれる场合があるということです。
Q16? 未来にゲノムの情報がデータ化されたとすると、どんないいことと悪いことが起きると思いますか？
メリット?デメリットの両方が存在すると思います。病気の治疗などには役に立ちますが、个人情报が悪用される场合もあるかと思います。遗伝情报による差别なども问题になるかもしれません。
Q17? ゲノム解析を遺伝情報でみるようになったのはいつからですか？
ヒトゲノム配列が解読されたのは2000年ごろですが、それ以前から、遗伝の仕组みを利用して病気の原因となる遗伝子を発见するという研究は行われています。昔の研究者たちのいろいろな工夫の上に现在の研究が成り立っています。
Q18? アイヌ民族の祖先はわかっていますか？
いわゆるアイヌ文化を担うアイヌ民族が成立したのは12词13世纪ごろといわれていますが、どのように成立したのかに答えることは、歴史的?考古学的资料も少ないので难しいものとなっています。ただし、遗伝的には縄文人由来のゲノムを多く受け継いでいるので、まったく别の场所からいきなりやってきたということはなく、アイヌ文化以前の擦文文化などからの遗伝的な连続性があると思われます。
対话の场の创造実习：大関萌、高塚慧、伊藤彩乃、住友裕一、桥本政士